Magentoは自動でGoogleサイトマップを生成できますが、それをGoogleに送信する機能は持ち合わせていません。
夜間に自動生成したとして、誰がそれを送信するのかといえば、当然管理者の仕事になります。
そんな面倒なことは自動化してしまいましょう。

Magento ConnectにASchroder_SitemapSubmitというエクステンションがあります。
Magento-CE-1.4までの対応となっていますが、1.6でも使えます。
インストールするとエクステンションの紹介ページにもあるとおり、Googleサイトマップの機能にサイトマップファイルの送信機能が追加されます。

これであとはサイトマップをサイト更新時に再作成するか、毎日の定時処理で回しておけばいいわけです。
そうするとGoogleにはいつも最新のサイトマップが提供されるようになります。

さらにこのエクステンションはマイクロソフトのBingなどにもサイトマップを送信できますので、より効率的に検索エンジンに対するアプローチができるます。